Во второй половине третьего сезона Сергей Глухарев попытается помочь Денису выйти из банды криминального авторитета Сомова. Наконец наступает развязка этой истории, и Дэн возвращается на работу в ОВД.
Вскрываются новые факты по делу автоугонщиков, которое вел Глухарев. Как выяснилось, жена одного из членов банды узнала о Стасе Карпове и его подчиненных, расстрелявших банду во втором сезоне. Расстроенная женщина решает мстить и нанимает киллера, чтобы убить всех причастных к гибели мужа. Карпову чудом удается остаться в живых, но приходится расстаться с присвоенными когда-то деньгами.
Третий сезон этого сериала является продолжением ранее показанного второго, где на капитана Глухарева было совершено покушение и получен приказ о его повышении – звании майора юстиции. В новом сезоне он будет начальником следственного отдела и столкнется с новыми проблемами на службе.
Главные герои «Глухаря» продолжают раскрывать дела с присущим сериалу юмором, не отказываясь от взяток но, несмотря на это, действуя по закону совести и олицетворяя собой хорошую работу органов внутренних дел. Им предстоит бороться с наркоторговцами, спасти от трансплантации на органы мальчика и распутать еще огромное количество дел.
На пороге новый год. Два лучших друга с пустыми карманами, пытаются раздобыть денег, дабы весело отметить праздник. Для этого они фотографируют задержанного, переодевая его в милицейскую форму. Затем распечатав и вставив в рамку, выдают его сотрудникам за погибшего следователя лейтенанта, которого разорвали собаки. А не знал его никто, потому что он работал всего несколько дней. Выставив фото в фойе, вместе я ящичком для пожертвований они наблюдают, как быстро копится их капитал. Можно провести практически всех из отдела, но не Зимину, которая узнав об их выходках, назначает их дежурными следователем и опером в новогоднюю ночь...
Второй сезон Глухаря начинается спустя пару месяцев после событий первого. Денис с Настей возвращается с Украины. И поскольку Антошин безработный, то ни найдя ничего лучше, он подаётся в милицию. Земина не может устроить его следователем, поскольку для этого нужно специальное образование, но она находит место для него среди оперативников, начальником которых является подполковник Стас Карпов.
Между друзьями произошел разлад, они общаются, но как просто знакомые, Денис всячески пытается наладить контакт, но единственное что у него получилось так это окончательно помериться с Колей, который теперь живет вместе с сестрой Глухарёва.
В этом сезоне останутся все те же самые герои, даже Виталии Палыч и сержант Цветков появятся в кадре.
В финальных сериях первого сезона начинает прослеживаться сюжетная линия, объединяющая несколько последних серии и подводящих к началу второго сезона. Денис решает окончательно и бесповоротно вытащить Настю из её нынешней работы. Она уходит с панели, и становиться «мамочкой» в этом грязном бизнесе. Все дела они делают на квартире. Выследив эту квартиру, друзья договариваются с начальником СКМ, Карповым, а тот в свою очередь, своими жесткими мерами вычищает квартиру и ломает весь бизнес.
Не трогая по уговору с Глухаревым, девушек он жестко задерживает тех, кто стоял за этим, но одному из них – Алику, удаётся сбежать, он и станет поводом головной боли для героев сериала. На протяжении финальных серии он строит козни для Дениса и Насти.